疾病的生成是由于致病的三大要素形成了三位一体，治疗疾病也必须一分为三。因此《崇山文集·苗族生成哲学在苗医中的应用》指出，对于疾病的治疗有三个途径，即调整搜媚若，补充各薄港搜，改善玛汝务翠。这就是苗族生成哲学一分为三论在治病中的具体运用。
苗医整病学的重要内容有三大原则，十六大法，四十九套方术。
三大原则
调整搜媚若，补充各薄港搜，改善玛汝务翠，这是苗医整病的三大原则。
整病的原则，就是处理疾病问题的准绳，是不可违背的规律，如果违背了，就要犯医疗错误。如心力不足，则属于搜媚若亏损，治疗应当用补心的方法以调整搜媚若，假若使用退火的药物去治疗，使心力更亏，就会出现血压下降、循环衰竭、脑架失养、本命无依、生灵能废止等危急病征，甚或导致死亡。又如失水的病人，属于各薄港搜缺乏，就必须补液；肠梗阻属于玛汝务翠破坏，治疗当用赶*法而不能用止塞法等。
十六大法
赶*法，败*法，攻*法，止痛法，冷疗法，热疗法，提火法，退火法，止泻法，健胃法，帮交环法，补体法，表*法，退气法，止塞法，解危法。这苗医整病学的十六大法，是针对十六种病候而立。赶*法治疗积*病候，败*法治疗雄*病候，攻*法治疗恶*病候，止痛法治疗疼痛病候，冷疗法治疗急热病候，热疗法治疗急冷病候，提火法治疗内冷病候，退火法治疗火*病候，止泻法治疗泻肚病候，健胃法治疗胃弱病候，帮交环法治疗交环不和病候，补体法治疗亏损病候，表*法治疗风冷气水*病候，退气法治疗气壅病候，止塞法治疗外漏病候，解危法治疗危急病候。十六大法的具体应用，请看十七病候议治各章节。
四十九套方术
生药术、煎汤术、药酒术、吸药术、丸散术、吹药术、灌药术、涂药术、擦药术、敷贴术、药洗术、挂药术、睡药术、薰烟术、蒸疗术、导气术、推抹术、刮痧术、吮吸术、拔罐术、放血术、麻醉术、开刀术、缝合术、包扎术、正骨术、灌气术、烫熨术、烘烤术、滚蛋术、灰碗术、火燎术、灯火术、烧烫术、火针术、发泡术、打针术、挑纱术、点堂术、冷浸水、光照术、冷浴术、热浴术、操练术、戢*术、化水*、冲喜术、治神术、食疗术。